Kenichi Mitsuba (10 tahun) adalah anak biasa yang pergi ke sekolah dasar untuk belajar. Sementara itu seorang ninja kecil bernama Hattori Kanzo berteman dengan Kenichi, dan akhirnya menjadi bagian dari keluarga Mitsuba bersama dengan saudaranya, Shinzou dan anjing ninjanya, Shishi-Maru. Hattori membantu Kenichi dengan berbagai masalah yang dihadapinya dan terus menjaganya sebagai seorang teman yang baik. Yumeko-chan adalah gadis yang disukai oleh Kenichi. Sedangkan Kimimaki, seorang Ninja dari koga dan kucing ninjanya, Kagechio selalu membuat masalah dengan Kenichi. Kenichi meminta Hattori untuk membalas dendamnya. Meskipun Hattori adalah teman yang baik, Kenichi kadang-kadang berkelahi dengan Hatori karena kesalahpahaman yang dibuat oleh Kinimaki. Kadang-kadang Jippou, Togejirou dan Subame juga membantunya. Banyak bagian cerita ini yang mirip dengan Doraemon, seperti tokoh, watak dan perannya.
Sinopsis Komik NInja Hattori
