"Tokyo, musim panas 2015, Ayato Kamina dan Reika Mishima melewati kehidupan sehari-harinya dengan tenang. Tetapi tiba-tiba peperangan sudah dimulai. Pada saat itu, Ayato dan Reika diserang oleh orang berbaju hitam. Mereka diselamatkan oleh gadis cantik bernama Haruka Shitow. Mereka ditunjukkan "telur" berukuran besar di dasar teluk Tokyo. Dari dalam telur, lahir kekuatan dewa yang bernama "Rahxephon". Setelah Ayato bersama lainnya kabur dari Tokyo.. mereka sadar ternyata Tokyo tempat tinggal Ayato, ditutupi kubah yang memisahkan dari dunia luar. Di Tokyo Jupiter, waktu berjalan lebih lambat dari dunia luar. Di dunia sebenarnya, waktu sudah menunjukkan tahun 2033. Umat manusia yang diwakili oleh PBB, mendirikan organisasi yang bernama "TERRA". TERRA didirikan untuk mengalahkan organisasi MU yang menguasai Tokyo. Ayato yang telah menjadi pilot Rahxephon bergabung dengan TERRA. Di situ, dia mengetahui tujuan MU, asal usul dirinya dan Reika, serta hal mengenai Rahxephon. Tapi kedua orang ini masih belum tahu takdir nmereka yang sebenarnya..."
Komik ini menceritakan tentang perjuangan manusia melawan bangsa Murian yang sudah lama musnah. Sisa-sisa orang Murian yang ternyata masih hidup membuat koloni sendiri di Tokyo Jupiter, kota yang diselimuti kubah. Mereka berencana membelokkan waktu untuk membawa dunia ke masa bangsa Murian berkuasa. Untuk membuka gerbang tersebut diperlukan kekuatan Rahxephon, dewa penguasa ruang dan waktu. Satu-satunya yang ditakdirkan bisa mengendalikan Rahxephon adalah Ayato remaja dari bangsa Murian. Ayato yang sudah mengenal manusia memutuskan membelot dan membantu manusia mencegah ambisi bangsa Murian.
